Page 3 - 대한진단검사정도관리협회 뉴스레터 VOL135 (2026년 6월)

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PCR에서는 대조물질과 no-template control(NTC)을 이용해 증폭 및 오염 여부를 평가해야 한다. 반복
서열의 GC-rich 특성으로 인해 PCR bias와 allele dropout이 발생할 수 있으며, 특히 large-size allele
은 선택적으로 낮게 증폭될 수 있다. 특이적 DNA 중합효소와 PCR 보조물질 사용, 최적화된 반응 조건 설
정 등을 통해 문제를 최소화해야 한다. RP-PCR에서는 확장 반복서열이 saw-tooth/ladder peak 형태
로 관찰되지만, 정확한 반복 수 측정에는 제한이 있다. 대규모 확장, 모자이시즘 및 메틸화 상태 평가는
Southern blot으로 보완할 수 있으나, 고품질의 DNA와 복잡한 검사 과정이 요구된다.
실제 검사에서 관찰될 수 있는 대표적인 사례를 살펴보면 다음과 같다.

사례 1. 반복서열 확장 검체의 PCR 및 RP-PCR 결과

PCR에서는 증폭이 관찰되지 않지만, RP-PCR에서 관찰되는 끌림 양상(tailing pattern)을 통해 반복서열
확장을 추정할 수 있다. 끌림 양상은 소규모 확장에서 약하게 관찰될 수 있으며, 비특이적 PCR artifact와
의 감별도 필요하다. 이 사례의 경우 완전변이 범위의 대규모 확장이 확인되었다.

사례 2. Allele dropout 분석 사례

fragment 분석에서 1개의 allele만 확인되는 경우에는 동일 크기의 homozygous allele 및 large-size
allele의 allele dropout 가능성도 함께 고려해야 한다. Allele size 차이가 큰 경우 large-size allele이 낮
은 peak로 검출되는 경우가 많으며, 분석 범위 설정 및 peak 해석에 주의가 필요하다.